昆山杜克大学的最高权力机构是理事会。昆山杜克大学理事会有权根据中华人民共和国法律法规、学校章程以及合作办学协议，对昆山杜克大学进行有效治理并制定学校的规章制度。
昆山杜克大学理事会负责监督学校战略规划、承担受信责任、并确保昆山杜克大学的运营遵守中国法律法规，并且遵守学校章程和合作办学协议。
此外，昆山杜克大学理事会的职责还包括：践行昆山杜克大学的使命并提供战略指导；监督学校的财务资源和其他资产；遴选校长和常务副校长并对其业绩进行定期评估；审批学校所有的规定和流程。
亚历克·加里莫尔 （主席）
杜克大学教务长
唐其柱（副主席）
武汉大学副校长
陈丽艳（副主席）
昆山市委副书记、
市政府市长
朱莉·巴克
昆山杜克大学常务副校长事务主管、
杜克大学昆山杜克大学联络办公室执行主任
托马斯·M·高瑞
T.M. Gorrie & Associates公司
吴丹
武汉大学本科生院院长
赵越
昆山市人民政府昆山杜克大学发展促进中心主任
刘耀林（无投票权理事）
昆山杜克大学校长
玛丽·弗朗西斯·卢斯（无投票权理事）
昆山杜克大学代理常务副校长
崔西·克劳斯（无投票权理事；理事会秘书）
杜克大学昆山杜克大学联络办公室副主任
苗建时（无投票权理事）
昆山杜克大学人文学科教授
昆山杜克大学教师大会主席
秦天宝（无投票权理事）
武汉大学国际交流部部长
